Unmögliche (?) Bildbearbeitung – Ideensuche

[[Mitglied CRud…]]

Ich frage mich gerade, ob ich ein Ding der Unmöglichkeit versuche, oder ob ich einfach an die Grenzen meines Photoshop-Wissens stoße (oder beides). Vielleicht hat hier jemand deutlich mehr Photoshop-Wissen bzw. weiß einfach Rat?

Ganz kurz zum technischen Hintergrund (falls es relevant sein sollte): Ich arbeite mit Zellen, welche zwei fluoreszierende Proteine produzieren, welche man im Mikroskop nachweisen kann. Die Aufnahmen werden mit einer sensitiven Kamera gemacht, welche Graustufenbilder aufnimmt, wobei Filter gewährleisten, daß ich entweder das eine oder das andere Protein darstelle. Diese werden dann von der Software gemäß der Emissionswellenlängen der Proteine eingefärbt und übereinander gelegt. Zusätzlich wird ein einfaches, lichtmikroskopisches Bild im Blau-Kanal hinterlegt. Ein typisches Bild sieht so aus:

RGB.jpg[/attachment:2uhrlvrx]

Die Zellen im Blau-Kanal lassen sich recht gut erkennen und man sieht sehr deutlich rote Punkte, welche eines der beiden Proteine repräsentieren.

So weit so gut. Problem ist das zweite Protein im Grün-Kanal. Aus Gründen, die hier nicht weiter interessieren, ist der sog. Hintergrund sehr hoch, ich bekomme also in vielen Zellen ein unspezifisches Signal, welches die gesamte Zelle einfärbt. Schaue ich in den Grün-Kanal, dann wird deutlich, daß tatsächlich Zellen dabei sind, welche ein relativ deutliches Signal zeigen:

Green channel.jpg[/attachment:2uhrlvrx]

Das geht aber im RGB-Bild unter.

Und jetzt die Preisfrage: Wie kann ich die Qualität der Abbildung erhöhen, so daß in denjenigen Zellen, welche ein Signal zeigen, dieses auch deutlich sichtbar wird? Diejenigen Zellen, welche einfach nur grün sind, interessieren mich dabei schlicht nicht. Wenn hier irgendwelche Abberationen auftreten dann macht das nichts. Ich muß irgendwie spezifisch den Kontrast in denjenigen Zellen erhöhen, in welchen ein Signal zu sehen ist.

Hierbei gibt es weiterhin ein ethisches Problem. Ich könnte natürlich einfach über Abwedeln/künstlich nachbelichten das Signal in den Zellen spezifisch verbessern. Das ist aber ein Schritt, welchen Naturwissenschaftler nur sehr ungern gehen, weil man das in Publikationen rechtfertigen muß. Ansonsten ist die Gefahr zu groß, daß man irgendwelche Punkte artifiziell in seine Abbildungen zaubern. Besser ist es, wenn einfach das gesamte Bild verändert wird. Über die Kurven bekomme ich aber einfach nicht genügend Kontrast, um eine Abbildung zu generieren, bei welcher man die grünen Punkte auf den ersten Blick erkennen kann.

Gibt es hier jemanden, der zu diesem spezifischen Problem eine Idee/Vorschläge hat? Oder versuche ich schlicht, etwas Unmögliches zu erreichen?

Christian

[[Mitglied Schl…]]

Lieber Christian,

ich würde einmal versuchen den Grün-Kanal zu duplizieren, die zu stark glühenden Bildteile per Gradiation und Schwellenwert absenken und diesen neuen Kanal als Maske für die eigentliche Bildkorrektur (über Einstellungsebenen) heranziehen. Einigermaßen verständlich was ich meine? Bin heute ein wenig wirr, ich bitte dafür um Entschuldigung.

Alex

[[Mitglied CRud…]]

Hallo Alex,

vielen Dank für den Hinweis! Ja, das ist schon völlig verständlich. Es ist eben doch mein limitiertes Wissen; ich habe durchaus versucht, den Grün-Kanal direkt als Maske für die Bildkorrektur heranzuziehen. Das bringt aber (logischerweise) nur mäßigen Erfolg. Das Duplizieren mit anschließender Korrektur macht die ganze Angelegenheit als Maske sehr viel nützlicher. Das ist schon mal eine enorme Verbesserung! Vielen Dank für den Hinweis!

Grüße,

Christian

[[Mitglied Schl…]]

Schön

Weil mich gerade zwei Kollegen gefragt haben, die Dein Bild auf meinem Monitor sahen: Was sind das denn für Zellen? Natürlich nur, wenn Du keine Staatsgeheimnisse verrätst.

Alex

[[Mitglied CRud…]]

Nö, Staatsgeheimnisse sind das nicht. Das sind Escherichia-coli-Zellen. Ein inzwischen leicht veralteter Vertreter der Lieblingsorganismen der Genetiker. Hier in England gerne etwas argwöhnisch beäugt, weil sich die Leute zu selten die Hände waschen und die pathogenen Stämme öfters mal Erkrankungen aussuchen. :wink:

Das auf dem Bild ist ein ganz harmloser Vertreter seiner Art, wie er millionenfach in unserem Darm zu finden ist.

Christian

[[Mitglied Alph…]]

Fragt jetzt ja nicht, wo er die her hat!

PS.: Kannst Du nicht die Ebene kopieren und dann Ebenenoptionen wie "farbig nachbelichten" oder "ineinander kopieren" benutzen (probier mal damit rum). Ich hatte mal ein ähnliches Problem und damit konnte ich den Kontrast erhöhen.